Ignació llegó a Alcalá a pie desde Barcelona en 1526 con el objetivo de estudiar teología y filosofía, y permaneció en la ciudad aproximadamente un año, hasta el 21 de junio de 1527. Su predicación popular por las calles le cosechó allí los primeros seguidores, pero también los primeros recelos y acusaciones de iluminismo por las que llegó a ser procesado y encarcelado. Finalmente, el arzobispo de Toledo lo tomó bajo su protección, invitándolo a marcharse a Salamanca para alejarlo de Alcalá. Pero en tan solo un año Ignacio había dejado una huella aún hoy perceptible en la ciudad, sobre la que se cimentaría la obra posterior de los jesuitas.

La primera residencia de Ignacio en Alcalá de Henares fue el Hospital de Santa María la Rica, el más antiguo de la ciudad, refugio y hospedería de peregrinos. El edificio es hoy un importante centro cultural y conserva la fachada original, un alfarje mudéjar del siglo XV y algunas columnas originales del antiguo patio. Pero tras unos días allí, Ignacio se instaló en el Hospital de Nuestra Señora de la Misericordia (el Hospital Antezana, también conocido como "el hospitalillo"). Ignacio compaginaba sus estudios con labores de enfermero y cocinero al cuidado de los pobres que estaban acogidos en la institución. La casa conserva la cocina en la que Ignacio trabajaba, así como su habitación, además de una capilla en su memoria. El edificio es una muestra de arquitectura popular de tradición mudéjar en torno a un patio, donde aún se aprecian las salas con alfarjes y estructuras originales de los siglos XV y XVI.

Visita obligada para todo ignaciano es la Ermita Universitaria del Santísimo Cristo de los Doctrinos, monumento nacional desde 1942, y un bello ejemplo de arquitectura popular barroca castellana, construida sobre una ermita original del siglo XIII. Ignacio explicaba la doctrina cristiana a sus seguidores en el patio trasero de la ermita, conocido popularmente como «Corral de Mataperros». Además, en el interior de la ermita podremos disfrutar de la talla del Cristo de los Doctrinos, obra manierista del jesuita Domingo Beltrán —discípulo de Miguel Ángel— realizada entre 1587 y 1590.

En el entorno de la ermita fundaron los jesuitas en 1546 su primer colegio en Alcalá. Lo hizo Francisco de Villanueva, uno de los primeros seguidores de Ignacio. Tal era la importancia que el fundador de los jesuitas dio a este proyecto, que parece ser que él mismo lo dirigió desde el principio y en su desarrollo posterior. En memoria de todo ello, la plaza de los Doctrinos acoge un monumento en homenaje a San Ignacio de Loyola, obra realizada en 1957 por el escultor José Luis Vicent.

El colegio cambió de ubicación a principios del siglo XVII, pasando a la calle Libreros. Se trata de los edificios que forman actualmente la parroquia de Santa María y la facultad de Derecho. La Iglesia es la típica iglesia jesuita de influencia italiana. Comenzó a construirse en 1567, sufriendo muchos retrasos debido a problemas económicos, hasta que se consiguió el mecenazgo de María y Catalina de Mendoza, finalizándose entre 1620 y 1625. Entre los estudiantes de este «colegio máximo» de los jesuitas se cuentan personalidades como Calderón de la Barca o los padres Juan de Mariana y Nieremberg.

Tras la supresión de la compañía en 1773, el colegio se reabrió en 1827 para volver a cerrar en 1835. Fundado de nuevo en 1953 como Escuela Primaria, y como Facultad de Filosofía para estudiantes jesuitas en 1955, hoy es el colegio San Ignacio, que abarca Educación Infantil, Primaria, Secundaria y Formación Profesional Básica de Electricidad y Electrónica. Cerca de 550 alumnos se forman en sus aulas. El edificio es también Residencia de los jesuitas, Enfermería, Casa de Ejercicios y el Archivo de España de la Compañía de Jesús. Aquí residió el actual Papa Francisco durante la etapa formativa conocida como «tercera probación», entre septiembre y diciembre de 1970. Quienes lo acompañaron durante esos meses aún recuerdan a un treintañero Jorge María Bergoglio de carácter piadoso, humilde y sencillo.

Son muchos los rincones y edificios de la época de Ignacio que podemos contemplar hoy en Alcalá: la Iglesia Magistral —aunque Ignacio no conoció la sólida torre cuya construcción se inició en 1531—; el Palacio Arzobispal, que además de a arzobispos acogió a reyes y príncipes, y entre cuyos muros se escribió gran parte de la Historia de España; el convento de las Carmelitas Descalzas, que Ignacio conoció como palacio del marqués de Lanzarote; la Calle Mayor, escenario cotidiano de las andanzas de Ignacio, que conserva sus soportales originales de 1380, etc.

Y dejamos para el final el edificio más emblemático de Alcalá: la Universidad. Fundada por el Cardenal Cisneros en 1499, fue una de las universidades más importantes de Europa a lo largo de los siglos XVI y XVII. Aquí Ignacio, con solo rudimentos de latín, se enfrascó en el estudio de la Lógica de Soto, la Física de Alberto Magno y las Sentencias de Pedro Lombardo. La fachada que ahora contemplamos no fue conocida por Ignacio, pues fue construida entre 1538 y 1553, pero sí la Capilla, así como el Paraninfo o Teatro Escolástico, con sus arcos, pilastras decoradas y rico artesón de madera policromada con decoración mudéjar.

La universidad homenajea a su ilustre alumno, fundador de la Compañía de Jesús, con una sala en su honor. Sin embargo, cuando Ignacio evoque este periodo de su vida en su autobiografía nos dirá muy poco acerca de esta gran institución, de sus maestros y sus estudios, al tiempo que recordará con detalle otros episodios, entre la gente sencilla a la que predicaba.

Todo un indicador de lo que realmente movía a este apasionado por Cristo dispuesto a todo para «ayudar a las ánimas»; incluso a ir a París, muy pronto, si en España se cerraban sus posibilidades. Se estaban gestando la historia de lo que llegaría a ser la Compañía de Jesús.