Tras el paso por el noviciado, los estudios de Filosofía y los años del Magisterio -generalmente dos o tres-, los jesuitas en formación comienzan los estudios de Teología. Con el bagaje de la experiencia acumulada en los últimos años, se espera que el joven jesuita se dedique con profundidad al estudio de esta carrera con la que luego pueda servir mejor al pueblo de Dios, además de contribuir a una mejor formación de los creyentes y agentes de pastoral. La teología también buscar adquirir herramientas para el diálogo con la cultura contemporánea.

Esta etapa de estudios abarca cinco años divididos en dos bloques: el bachillerato de tres años y la licenciatura o especialidad de dos. En la provincia de España, el bachillerato suele realizarse en Madrid, estudiando en la Universidad Pontificia Comillas. La licenciatura, según la especialidad que se estudie y la lengua en que quiera realizarse, se realiza en un país u otro.

Es también un tiempo específico de formación y preparación para la ordenación, de modo que al final de la primera etapa es habitual que el jesuita sea ordenado diácono, y algo más de un año después, sacerdote.

Durante los estudios de Teología convergen algunos ámbitos que ayudan dotar de una marcada identidad jesuita a esta etapa. En primer lugar, una presencia de la Compañía fuerte en la ciudad donde se realizan los estudios; en segundo lugar, el coincidir en misión y comunidad con buenos amigos jesuitas y, en tercer lugar, la riqueza de la convivencia con compañeros de otros países permitiendo conocer y experimentar la universalidad de la Compañía. Con todo ello, se convierten en unos años para trabajar mucho la vinculación afectiva con el Señor, buscando crecer en el deseo de seguir y servir a Cristo en su Compañía.

Ignacio experimentó que sin formación teológica no podía dedicarse a «ayudar a las almas». Y en la Fórmula del Instituto se mencionan diversos ministerios de la Palabra, que exigen una buena preparación teológica: «Fundada ante todo para atender principalmente a la defensa y propagación de la fe y al provecho de las almas en la vida y doctrina cristiana por medio de predicaciones públicas, lecciones, y todo otro ministerio de la palabra de Dios, de ejercicios espirituales, y de la educación en el Cristianismo de los niños e ignorantes».

Es por eso que el estudio de la Teología se contempla como un proceso muy importante de cara a la posterior Misión, y por ello se ponen todos los medios para que el jesuita en formación aproveche y profundice lo más posible en ella.