La presencia de los jesuitas en Huelva se remonta a 1563 cuando el P. Laínez, siendo P. General de la Compañía de Jesús, aceptó comenzar las obras del Colegio Santa Catalina de la Villa de Trigueros, gracias a la donación de la condesa de Niebla, convirtiéndose este en un centro religioso y educativo de gran afluencia.

Después de la Restauración, no sería hasta 1934 cuando se abriera la primera comunidad de compañeros jesuitas en la ciudad onubense, en la calle Puerto, donde los padres José de Vergara, Francisco Gutiérrez y el H. Luis Camarero comenzaron a trabajar como coadjutores del párroco de la iglesia de la Concepción y asistiendo enfermos y moribundos. A partir de 1939-40 ejercieron su ministerio en la iglesia del antiguo Convento de San Francisco donde se fundaron el Apostolado de Oración y las Congregaciones Marianas de San Luis y de San Estanislao. En 1945, se puso en marcha el Politécnico Madre de Dios en Villa S. Carlos, que años más tarde contaría con cerca de quinientos alumnos. Entre 1947-1960 destaca la Congregación de San Francisco Javier, así como la obra social Comedor-Dispensario y Ropero de Nuestra Señora de la Cinta.

En el postconcilio se daría un nuevo impulso a la atención a jóvenes con la creación del Movimiento Scouts Católicos y diversas comunidades cristianas, además de la formación religiosa y sacramental en los centros educativos. En 1964 se derribó la antigua iglesia y residencia y se comenzaron las obras y dos años después la comunidad se trasladó a la nueva residencia en calle Cardenal Cisneros, pero no sería hasta 1973 cuando se inauguraría el nuevo templo, que lleva el nombre de San Francisco Javier. Allí se ha concretado la atención pastoral: eucaristías, acompañamiento personal, sacramento de la reconciliación, ejercicios espirituales…

En junio de 2020 la Compañía cerró la comunidad de jesuitas de la ciudad pero dio continuidad a su misión con la permanencia de sus dos colegios, Centro SAFA-Funcadia y Centro SAFA Santa María Magdalena en Valverde del Camino, ambos de la Fundación SAFA que fundara el P. Villoslada y varios grupos de espiritualidad ignaciana.

La sociedad onubense ha querido reconocer la labor de la Compañía de Jesús rotulando alguna vía pública y concediéndoles a algunos jesuitas el título de hijos adoptivos/predilectos.