El Secretariado de Misiones se ubica en la Curia de la Provincia de España, en Madrid. Su función institucional es doble: por una parte, la coordinación y acompañamiento de los Secretariados de Misiones de las antiguas Provincias (Secretariado de Misiones en Valencia, Misión del Japón en Madrid, Missió i Desenvolupament en Barcelona, Misioneros de Extremo Oriente en Palencia) y, por otra, la organización de la gestión de los proyectos de Misiones que realizaba antes la mesa de Provinciales con el Provincial de España.

La nueva Oficina debe ayudar, desde la Curia Provincial, en todas aquellas cuestiones relativas a las Misiones de la Provincia de España como, por ejemplo, las estancias de los jesuitas misioneros por aquí, la atención a personas donantes y bienhechores, la recepción de peticiones de ayuda, y otras gestiones de esta índole. El Secretariado intenta también dar respuesta a instituciones que no son las ONG, y apoya peticiones de colaboración económica con el Área de Cooperación Internacional del Sector del Apostolado Social de la Provincia de España.

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