Uno de los primeros en poner en guardia contra la ideología nazi fue Rupert Mayer, quien, desde 1923, llamó la atención sobre sus peligros en diversas publicaciones, junto con Friedrich Muckermann sj, que en 1931, describió el nazismo como la «herejía del siglo XX».

Conoció a Adolf Hitler en una reunión y desde entonces asistió a concentraciones nacionalsocialistas para conocer las posiciones del partido y refutar sus errores. Ya en 1935, la policía escuchaba sus sermones para anotar cualquier afirmación antinazi, y se le avisó oficialmente que en sus sermones hablaba contra el gobierno. Un año más tarde se le prohibió predicar, excepto en la iglesia de St. Michael. Mayer rechazó la prohibición. Fue detenido el 5 de junio de 1937 y condenado a seis meses de prisión por atacar al gobierno y al partido nazi, y por abusar del púlpito como arma política.

En lugar de cumplir la sentencia inmediatamente, se llegó a un acuerdo que le dejó temporalmente libre. Su provincial, Augustin Rösch, aseguró que Mayer aceptaría la prohibición de predicar. Así lo hizo hasta que los ataques nazis dieron a entender que su silencio era consecuencia del miedo o que significaba aprobar el nazismo. Siempre había mantenido que su silencio iba a ser mal interpretado por los fieles, y sus superiores llegaron a la misma conclusión. Se le dio permiso para volver al púlpito, y así lo hizo.

Sin embargo, fue detenido por tercera vez el 3 de noviembre de 1939. La acusación era tener contacto con una organización de conspiradores, el movimiento monárquico. La Gestapo solicitó información sobre miembros de esa organización que le habían visitado. Se negó a responder alegando el secreto de la confesión y el secreto profesional del sacerdote. Tras dos meses de prisión en Múnich fue llevado a un campo de concentración cerca de Berlín, en diciembre de 1939. Su salud declinó notablemente en su celda incomunicada, y los nazis temieron que su muerte en prisión, sobre todo después de su historial de guerra (había sido capellán en la primera guerra mundial) podría crear un mártir de la oposición y suscitar problemas al gobierno.

Se encontró una solución: en agosto de 1940 fue llevado al monasterio benedictino de Ettal en Baviera; allí se le prohibió todo contacto con el exterior, exceptuada su familia más cercana. Cuando las tropas americanas llegaron a Ettal se le permitió volver a Múnich (en mayo de 1945). El 1 de noviembre de 1945, sufrió un infarto mientras celebraba la eucaristía. Falleció poco después. 

Además de los interrogatorios por la Gestapo, que sufrieron más de 100 jesuitas, de los registros e incautaciones de casas y de la prohibición de predicar ordenada por la policía, hubo también una serie de procesos contra los jesuitas y contra su actividad como predicadores. Seis fueron condenados a varios años de cárcel; veinte, por la misma razón, a penas de prisión más breves; algunos terminaron en campos de concentración, sin previo juicio; en total fueron internados en campos de concentración doce jesuitas, de los cuales tres murieron por las privaciones. En Dachau se encontraron con muchos jesuitas de otras naciones, sobre todo de Polonia, de los cuales murieron allí 19.