En torno a 1550, Ignacio, tras consultar a sus consejeros más cercanos, dio el paso decisivo de comprometer a la Compañía con la formación académica reglada, esto es la fundación de los colegios. Un espíritu peculiar distingue aún cualquier escuela que quiera llamarse con verdad centro educativo de la Compañía. Este espíritu peculiar puede descubrirse cuando se reflexiona sobre la experiencia vivida por Ignacio, sobre los modos como esta experiencia vivida fue compartida por otros, la manera como Ignacio mismo aplicó su visión a la educación en las Constituciones y en sus cartas, y el modo como esta visión se ha desarrollado y aplicado a la educación a través de la historia hasta el momento presente. Detrás de la pedagogía, de los planes de estudio y de la vida escolar, late un espíritu común, aun cuando todo ello pueda diferir ampliamente de los siglos pasados y aun cuando los detalles más concretos de la vida escolar sean muy distintos de unos países a otros.  (Características de la Educación de la Compañía de Jesús 8 y 9)

Podemos destacar tres fuentes fundamentales de las que se nutre la pedagogía ignaciana

1.- La persona de Ignacio y sus ejercicios

2.- La parte IV de las Constituciones

3.- La vida y la práctica de los primeros colegios, especialmente los de Roma y Messina.

Ignacio fue primero discípulo (a una edad muy avanzada, hacia los cuarenta años) y después maestro. Siempre pensó que el esfuerzo del estudiante era la clave, llevado de la guía de sus maestros. De sus experiencias como estudiante destaca el modo de funcionar de la Universidad de París en el que se inspirará claramente la pedagogía jesuítica; es el conocido como “modus parisienses”.

En la parte cuarta de las Constituciones de la Compañía se recogen reflexiones de Ignacio sobre la educación basadas en su experiencia académica y personal. En ningún caso es un tratado de pedagogía.

La manera de funcionar de los primeros colegios, el análisis de sus prácticas incidió de forma decisiva en la redacción de diferentes Ratios que desembocan en la de 1599. La Ratio Studiorum debía servir de base común para todos los centros, si bien dejando siempre libertad para ser acomodada a la diversidad de lugares, tiempos y personas. La Ratio contiene un curriculum o plan de estudios, una metodología y un sistema de organización de los centros.

Siguiendo a Gabriel Codina en su publicación de 1999 “El modo nuestro de proceder en los estudios: la Ratio Studiorum”, sobre la Ratio podemos puntualizar diferentes aspectos. Como ya hemos dicho la pedagogía ignaciana nace del llamado modo de París (modus parisiensis), las principales características del cual son

a) Ordena los estudios de manera progresiva y sistemática

b) Separa y gradúa el estudio de las diferentes materias

c) Necesidad de sentar los fundamentos antes de seguir adelante

d) División de los alumnos en clases de acuerdo con sus niveles de conocimientos

e) Abundancia y variedad de ejercicios con gran actividad de parte de los alumnos

f) Recurso a la emulación

g) Vida escolar disciplinada y reglamentada

h) Insistencia en conjugar virtud con letras.

La Ratio no es un tratado teórico sobre pedagogía, no es una filosofía de la educación, es básicamente un manual eminentemente práctico. Existen cuatro elementos básicos de la didáctica utilizada en la Ratio Studiorum: prelección, ejercitación, aplicación y repetición.

El P. Arrupe indicaba que nuestro objetivo educativo era «La formación de hombres y mujeres para los demás». El P. Kolvenbach ha descrito al alumno que esperamos salga de nuestros centros como una persona «equilibrada, intelectualmente competente, abierto al crecimiento, religioso, compasivo y comprometido con la justicia en el servicio generoso al pueblo de Dios». (Pedagogía Ignaciana 13)

En 1986 la Comisión Internacional para el Apostolado de la Educación Jesuita publicó las “Características de la educación de la Compañía de Jesús”, documento en el cual se pone énfasis en nueve dimensiones que se asocian a la visión ignaciana proveniente de los Ejercicios Espirituales. Siete años después se publica el documento “Pedagogía ignaciana. Un planteamiento práctico” que es el paradigma psicopedagógico asociado al anterior documento.